昭和医科大学 医学部 解剖学講座 顕微解剖学部門 Showa Medical University School of Medicine · Department of Anatomy

Kawanishi Lab

川西研究室

昭和医科大学 医学部 解剖学講座 顕微解剖学部門
〒142-8555 東京都品川区旗の台1-5-8

Department of Anatomy
Showa Medical University School of Medicine, Tokyo, Japan

「組織の空間から、病態を読み解く。」 "Decoding disease through tissue spatial biology."

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研究室について

About the Lab

空間組織生物学で、病態に迫る

Spatial Tissue Biology of Disease

私たちの体の臓器や組織は、さまざまな種類の細胞が集まり、互いに関わり合うことで成り立っています。病気になると、こうした細胞の状態や位置関係、細胞同士の関わり方が変化します。私たちは、「どの細胞が、どこにいて、何をしているのか」を明らかにする空間組織生物学（Spatial Tissue Biology）を軸に研究を進めています。顕微鏡による形態観察、空間オミクス、分子・細胞生物学を組み合わせ、組織の構造と細胞の働きを一体として捉えることを目指します。腫瘍、腎疾患、炎症性疾患を主な対象に、細胞同士の関わりを組織の中で読み解くことで、病気がどのように生じ、進行するのかを理解し、新たな治療につながる手がかりを見つけたいと考えています。

The organs and tissues of our bodies are built from many different kinds of cells that interact closely with one another. In disease, the states of these cells, their positions, and the way they communicate all change. Our research centers on spatial tissue biology: understanding which cells are present, where they are, and what they are doing. By combining microscopic morphology, spatial omics, and molecular and cell biology, we aim to see tissue structure and cellular function as a single, integrated picture. Focusing on tumors, kidney disease, and inflammatory disease, we study how cells interact within tissue in order to understand how disease arises and progresses, and to find clues that may lead to new therapies.

Morphology 形態学 × Spatial Biology 空間生物学 × Molecular Mechanisms 分子機構解析

Research Workflow

研究の流れ

🧬
Human Tissue生体組織
→
🔬
Morphology & Spatial Biology形態学・空間生物学
→
📊
Cell States & Interactions細胞状態・相互作用
→
⚗️
Molecular Mechanisms分子機構
→
🧫
Disease Models疾患モデル
→
💡
Disease Understanding病態理解

研究領域

Research Areas

主要研究テーマ

Our Research Programs

🔬

Area 01

Tissue Microenvironment & Spatial Biology

組織微小環境と空間生物学

Using spatial transcriptomics (Xenium In Situ) and multiplex immunostaining (PhenoCycler), we map cell states and spatial interactions within tissue. We are investigating how immune cells and stromal components organize the tumor microenvironment across multiple cancer types, and extending our approach to inflammatory conditions to understand shared and distinct cellular architectures. 空間トランスクリプトミクス（Xenium In Situ）・多重免疫染色（PhenoCycler）を用いて、組織内の細胞状態と空間的相互作用を解析します。複数のがん種にわたる腫瘍微小環境の細胞構築を調べるとともに、炎症性疾患にもアプローチを拡張し、共通・固有の細胞空間構造の解明に取り組んでいます。

Xenium In Situ PhenoCycler Spatial Omics Tumor Microenvironment Inflammation
🧬

Area 02

Renal Pathology & Multimodal Morphology

腎病理とマルチモーダル形態解析

We apply transmission electron microscopy (TEM) and low-vacuum scanning electron microscopy (LVSEM) to characterize ultrastructural features of renal pathology — spanning hereditary nephropathies, transplant biopsies, and inflammatory kidney disease. By integrating AI-assisted morphological analysis, we aim to quantify changes that are difficult to detect by conventional light microscopy alone. 透過型電子顕微鏡（TEM）・低真空走査型電子顕微鏡（LVSEM）を用いて、遺伝性腎症・移植腎・炎症性腎疾患における超微細形態を解析します。AI支援形態解析との統合により、従来の光学顕微鏡では捉えにくい病理変化の定量化を目指しています。

TEM / LVSEM AI Morphology Renal Pathology Transplant
🤝

Area 03

Disease Models & Translational Research

疾患モデルと橋渡し研究

We validate disease mechanisms using 3D spheroid cultures and other tissue models, and combine single-cell RNA-seq and transcriptomic analyses to reveal the molecular basis of morphological findings. Through collaborations with clinical departments and external research institutions, we apply our spatial and morphological frameworks to diverse disease contexts. 3次元スフェロイド培養等の組織モデルを用いた疾患メカニズムの検証と、単細胞RNA-seq等のトランスクリプトーム解析による形態所見の分子基盤解明を組み合わせています。臨床各科・学外研究機関との共同研究を通じて、空間解析・形態解析を多様な疾患に応用しています。

3D Spheroid scRNA-seq Transcriptomics Collaboration

主要業績

Selected Publications

発表論文（抜粋）

Recent Publications

Selected recent papers. Featured labels highlight our key contributions to spatial tissue biology. 注目論文 は空間組織生物学における主要成果です。

2025

Featured · Spatial Tumor Immunology注目論文 · 空間的腫瘍免疫学

PNAS Proceedings of the National Academy of Sciences

Spatial transcriptomics reveals GPNMB+ tumor-associated macrophages as key regulators of the immune desert microenvironment in triple-negative breast cancer

Dang Cao TL, Kawanishi K*, Hayashi M, Nakashima M, Komohara Y, Yamashita Y. Proc Natl Acad Sci USA. 2025. (*Corresponding author)

DOI: 10.1073/pnas.2425024122
2026
BMC BMC Nephrology

Combined morphologic and immunohistochemical assessment of KIM-1-positive proximal tubular vacuolation in one-hour kidney allograft biopsies

Kawanishi K, Shimokawa M, Kang D, Baba M, Kato Y, Yoshitake O, Koiwa F, Honda K, Kawanishi K*. BMC Nephrol. 2026 Jun 5. (*Corresponding author)

DOI: 10.1186/s12882-026-05088-5
2026
ABC Analytical and Bioanalytical Chemistry

A hierarchical lectin-based multimodal workflow for spatial mapping of extracellular matrix glycans in fibrotic hearts

産総研（AIST）との共同研究. Anal Bioanal Chem. 2026 Apr 27.

2024

Featured · Deep Learning Renal Pathology注目論文 · 深層学習腎病理形態学

AJP American Journal of Pathology

A novel deep learning approach for analyzing glomerular basement membrane lesions in a mouse model of X-linked Alport syndrome

Kawanishi K*, Baba M, Kobayashi R, Hori R, Hashikami K, Danbayashi K, Iwachido T, Kato M. Am J Pathol. 2024 Oct 18. (*First and corresponding author)

researchmap

全業績リストは researchmap をご参照ください。 For a complete list of publications, please visit researchmap.

研究基盤

Research Platforms

空間・形態・分子・AI解析の基盤

Spatial, Morphological, Molecular & AI Analysis

Xenium In SituXenium In Situ
Subcellular spatial transcriptomics単細胞空間トランスクリプトミクス
PhenoCyclerPhenoCycler
Cyclic multiplex immunostainingサイクリック多重免疫染色
TEM / LVSEM透過型・低真空走査型EM
Ultrastructural electron microscopy超微細構造電子顕微鏡
AI MorphologyAI支援形態解析
Deep learning pathological analysis深層学習による病理解析
scRNA-seq単細胞RNA-seq
Single-cell transcriptomics単細胞トランスクリプトーム解析
3D Spheroid Culture3Dスフェロイド培養
3D tissue model systems三次元組織モデル系
Spatial Multi-omics空間マルチオミクス
Integrated multi-layer spatial analysis統合空間マルチオミクス解析
Image Analysis画像解析
Quantitative morphological analysis定量的形態解析

メンバー

People

研究室のメンバー

Our Team

異なる専門性を持つメンバーが、形態学・空間生物学・分子生物学を横断して研究に取り組んでいます。 Our members bring different areas of expertise and work across morphology, spatial biology, and molecular biology.

メンバー紹介を見る →Meet the team →

お知らせ

News

最新情報

Latest News

2026.10
Recruitment
助教または講師の募集を開始しました
2026年10月、顕微解剖学部門では助教または講師1名の募集を開始しました。組織学・発生学の教育とともに、腫瘍、腎疾患、炎症・免疫などを対象とした研究に一緒に取り組んでいただける方を募集しています。これまでの研究経験を活かしながら、新しい研究領域や解析技術に挑戦したい方も歓迎します。詳細は JREC-IN Portalの募集ページ をご覧ください。 Faculty position open: Assistant Professor or Lecturer
In October 2026 the Division of Microscopic Anatomy began recruiting one Assistant Professor or Lecturer. We are looking for a colleague to teach histology and embryology and to work with us on research into cancer, kidney disease, and inflammation and immunity. Candidates who wish to build on their existing expertise while taking on new research areas or analytical techniques are also welcome. For details, please see the JREC-IN Portal posting (in Japanese).
2026.09
Degree
大学院生の河西恵州先生が博士（医学）の学位を取得しました。おめでとうございます。 Graduate student Keishu Kawanishi has been awarded a PhD in Medicine. Congratulations!
2026.06
Publication
大学院生・河西恵州先生の論文が BMC Nephrology 誌にアクセプトされました。腎移植1時間生検におけるKIM-1陽性近位尿細管空胞化の形態学的・免疫組織化学的評価に関する研究です。 DOI: 10.1186/s12882-026-05088-5 A paper by graduate student Keishu Kawanishi has been accepted in BMC Nephrology, on combined morphologic and immunohistochemical assessment of KIM-1-positive proximal tubular vacuolation in one-hour kidney allograft biopsies. DOI: 10.1186/s12882-026-05088-5
2026.05
Media
川西邦夫教授と本田一穂特任教授の対談「疾患を3次元で見る目 ～形態学×LVSEM×AIが拓く新時代～」が 日立ハイテク SI NEWS に掲載されました。 An interview with Prof. Kunio Kawanishi and Prof. Kazuho Honda, "3D Vision of Disease: Morphology × LVSEM × AI," was published in Hitachi High-Tech SI NEWS.
2026.04
Publication
杏林大学との共同研究論文が Biochemical and Biophysical Research Communications 誌に掲載されました。USP40がインテグリンβ1の脱ユビキチン化を介してポドサイトを保護することを示した研究です。DOI: 10.1016/j.bbrc.2026.153840 A collaborative paper with Kyorin University has been published in Biochemical and Biophysical Research Communications, showing that USP40 protects podocytes by deubiquitylating integrin β1. DOI: 10.1016/j.bbrc.2026.153840
2026.04
Publication
東京女子医科大学との共同研究論文が Histopathology 誌に掲載されました。慢性活動性抗体関連型拒絶反応において、C4dを補完する内皮リモデリングマーカーとしての糸球体PLVAP-1に関する研究です。DOI: 10.1111/his.70162 A collaborative paper with Tokyo Women's Medical University has been published in Histopathology, on glomerular plasmalemma vesicle-associated protein-1 as an endothelial remodelling marker complementing C4d in chronic active antibody-mediated rejection. DOI: 10.1111/his.70162
2026.04
Member
馬場正樹 助教が研究室に加わりました。 Masaki Baba, Ph.D. (Assistant Professor) joined the laboratory.
2026.04
Member
大学院留学生の関 宇燦（Yucan Guan）さんが研究室に加わりました。 Yucan Guan joined the laboratory as an international graduate student.
2026.04
Publication
産総研との共同研究論文が Analytical and Bioanalytical Chemistry 誌に掲載されました。線維化心臓における細胞外マトリックス糖鎖の空間マッピングに関する研究です。産総研トピックス A collaborative paper with AIST has been published in Analytical and Bioanalytical Chemistry, presenting a hierarchical lectin-based multimodal workflow for spatial mapping of ECM glycans in fibrotic hearts. AIST Topics
2026.01
Degree
大学院生の梶尾優希さん（指導：本田一穂 前教授）が博士（医学）の学位を取得しました。おめでとうございます。 Graduate student Yuki Kajio (supervised by former Professor Kazuho Honda) has been awarded a PhD in Medicine. Congratulations!
2025.11
Award
川西邦夫が 山中賞（メディカルLVSEM研究会）を受賞しました。 Kunio Kawanishi received the Yamanaka Award from the Medical LVSEM Research Society.
2025.09
Publication
PNAS誌に共著論文が掲載されました。Xenium In Situを用いたTNBCにおけるGPNMB+ 腫瘍関連マクロファージと免疫砂漠微小環境に関する研究成果です。筑波大学プレスリリース Our collaborative paper on GPNMB+ tumor-associated macrophages shaping the immune desert microenvironment in TNBC, using Xenium In Situ, has been published in PNAS. Tsukuba University Press Release
2025.06
Publication
Proceedings of the Japan Academy, Series B 誌に共著論文が掲載されました。新たな糸球体疾患モデルを用いて、局所のアンジオテンシンII制御を介した腎臓の代償的なバランス機構を示した研究です。DOI: 10.2183/pjab.101.025 A co-authored paper has been published in Proceedings of the Japan Academy, Series B, describing a novel glomerulopathy model that demonstrates renal counterbalance via local angiotensin II regulation. DOI: 10.2183/pjab.101.025
2025.04
Organization
川西邦夫が顕微解剖学部門 教授に着任しました。 Kunio Kawanishi was appointed Professor, Department of Anatomy.

Lab Life

研究室の活動

Lab Life

研究室の活動を見る →View Lab Life →

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研究室への参加

We are looking for graduate students, physicians, and researchers interested in the pathobiology of cancer, kidney disease, and inflammatory disorders, or in tissue morphology, cell biology, and spatial analysis. You may build on the expertise you already have, or take the opportunity to learn new analytical approaches. We are also glad to discuss potential collaborations. がん、腎疾患、炎症性疾患の病態研究や、組織形態学・細胞生物学・空間解析に関心のある大学院生、研究を志す医師・研究者を歓迎しています。これまでの専門分野を活かした研究はもちろん、新しい解析手法に挑戦したい方の参加もお待ちしています。共同研究についてもお気軽にご相談ください。

Contact連絡先
川西 邦夫（教授）
昭和医科大学 医学部 解剖学講座 顕微解剖学部門
〒142-8555 東京都品川区旗の台1-5-8
 Kunio Kawanishi, MD, PhD (Professor)
Department of Anatomy
Showa Medical University School of Medicine
1-5-8 Hatanodai, Shinagawa-ku, Tokyo 142-8555, Japan
 micro-anatomy（at）med.showa-u.ac.jp
※(at)を@に変更して送信してください。 *Please replace (at) with @ when sending.

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メンバー

異なる専門性を持つメンバーが、形態学・空間生物学・分子生物学を横断して研究に取り組んでいます。 Our members bring different areas of expertise and work across morphology, spatial biology, and molecular biology.

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研究室の日常や学会・共同研究の様子はSee what day-to-day life in the lab looks like 研究室の活動を見る →Lab Life →

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学会・研究会、Lab Meeting、共同研究や研究者の訪問など、研究室の日々の活動を写真で紹介します。 Conferences, lab meetings, collaborations, and visitors: a look at everyday life in the lab.

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